Од 2005. године је у ЈНУ Институт за заштиту и екологију Републике Српске, Бања Лука имплементиран Међународни систем квалитета према стандардима ИСО 9001:2000, од стране сертификационе институције SGS из Швајцарске, која годишње врши редовне контроле спровођења ИСО стандарда.
Институт успјешно примјењује и одржава систем управљања квалитетом и стално побољшавао његову дјелотворност у складу са захјевима овог међународног стандарда, те се приликом контрола потврђује висок ниво ниво примјене стандарда и  система квалитета рада у Институту.
 Стандард ISO 9001:2000 захтијева документоване поступке за: управљање документима, управљање записима, интерни аудити, надзор над неусаглашеностима, корективне акције и превентивне акције.
 Примарна политика система управљања квалитетом услуга Института према ISO 9001:2000 је:

  подизање ефикасности и ефективности куповином савремене опреме,
  опстанак, развој и раст примарно остваривати сопственим развојем,
  стално усавршавање запослених програмираним обукама,
  преиспитивање система квалитета у релевантним терминима, корективним и превентивним мјерама вршити стална унапређења поступака рада,
  превентивно одржавање вршити на основу утврђеног стања опреме,
  услове рада држати у оквиру утврђних граница,
  мотивацију и комуникацију стално подизати на виши ниво,
  задовољство купаца подизати нивом квалитета, поузданошћу, конкурентношћу цијенама и роком испоруке наших услуга.

Секундарна политика систем управљања квалитетом услуга института према ISO 9001:2000 је:

  повећање ефикасности и ефективности развојем и унапређењем система управљања квалитетом према стандарду,
  отвореност за сарадњу са свим заинтересованим странама (купци, запослени, друштвена заједница) на унапређењу система управљања квалитетом,
  унапређење мишљења корисника наших услуга кроз поштење, уљудност и тежњу ка сталном побољшању квалитета наших услуга,
  пратити достигнућа конкуренције и о томе обавјештавати директора,
  освајати нова тржишта и ванредним и додатним напорима враћати изгубљено,
  истраживање потреба тржишта за постојећим услугама и могућност увођења нових услуга,
  истраживати стање конкурентских услуга и упоређивати са сопственим стањем,
  развој и освајање нових метода управљања и организације процеса рада вршити уз помоћ консултаната,
  превентивно одржавање вршити на основу утврђеног стања опреме,
  услове рада држати на основу утврђених граница,
  планирање и анализа финансијских средстава треба бити саставни дио процеса рада,
  обуку и праћење стања кадрова вршити према поступцима дефинисаним у стандарду,
  обуку кадрова вршити у циљу прихватања, одржавања и побољшања система управљања квалитетом.

Прелазак на систем управљања квалитетом по захтјевима стандарда ИСО 9001:2008 током 2011. године представља континуитет овог система, уз стална унапређења, а на добробит корисника услуга Института, као јавне научне установе од интереса за Републику Српску.

Предмет  сертификације  Система менаџмента квалитета односи се на: 

Развој и израду научноистраживачких пројеката и пружање услуга из области заштите од пожара и експлозија, заштите на раду, заштите у електроенергетици, екологији и заштити животне средине као и на образовање из области заштите.