Макроорганизација Института има за циљ ефикасно извршавање основних задатака из дјелатности Института, јасну подјелу организационих јединица, спречавање непотребних трошкова које изазива неорганизованост, те искључивање несугласица у извршавању радних задатака између организационих јединица.
Унутрашња организација Института састоји се из сљедећих организационих јединица:
- Управа
- Технички сектор, у оквиру кога дјелују
- Завод за екологију и заштиту животне средине
- Завод за заштиту и здравља на раду
- Завод за заштиту од пожара, експлозија и елементарних непогода
- Завод за образовање
- Лабораторија за испитивање параметара животне и радне средине
- Контролно (инспекцијско) тијело
- Сертификационо тијело
- Истраживачки центар
- Служба за заједничке послове